Situé au niveau de l’équateur, le Kenya est soumis à un climat chaud où les températures varient peu au cours de l’année et qui est rythmé par deux saisons des pluies qui tombent dans les mois où le soleil passe au zénith, en particulier en fin de journée. La plus abondante est centrée sur mars et mai, la seconde sur le mois de novembre. Cependant, leur intensité et leur durée varient grandement d’une région à l’autre et le climat du Kenya est très diversifié: au sud-est, le littoral de l’océan Indien bénéficie d’un climat humide de type Aw, selon la classification de Köppen correspondant à un climat de savane. À Mombasa, les températures maximales mensuelles sont comprises entre 28 °C et 32 °C pour 1 060 mm de précipitations. À l’ouest, la région du lac Victoria est encore plus arrosée avec un climat équatorial (Af) qui permet le développement de la forêt. À l’opposé, les précipitations sont de plus en plus faibles en allant vers le nord ; la savane laisse d’abord la place à un environnement semi-aride et même désertique à l’est du lac Turkana et à proximité de la frontière somalienne.

L’altitude joue aussi un rôle : avec elle, les températures diminuent alors que les précipitations ont tendance à augmenter. Ainsi, dans les hauts plateaux du centre, Nairobi (1 700 m) dispose d’un climat tempéré avec des matinées fraîches (10 à 13 °C) et des températures maximales oscillant entre 21 et 26 °C. Avec ses 5 199 mètres d’altitude, le sommet du mont Kenya atteint l’étage nival, celui des neiges éternelles.

Le changement climatique, qui impacte déjà sévèrement le Kenya, devrait à l’avenir accroître encore la fréquence des sécheresses. Alors qu’elles suivaient auparavant un cycle de cinq à sept ans, elles pourraient apparaitre tous les trois ans dorénavant. Celles-ci risquent de favoriser le sous-développement et l’augmentation de la pauvreté